為提供旅客更舒適的如廁環境，臺北捷運自88年開始，推動初期路網廁所更新工程，初期路網包括淡水線、新店線、中和線、南港線、板橋線、木柵線、土城線，總計共68個車站廁所，均已完成改造翻新；針對旅客常用的設備，亦訂有嚴謹的清潔頻率及工法，致力維護廁所乾淨清潔。
去年年底甫開放使用的文湖線忠孝復興站廁所，採用時下流行的間接照明，營造出視覺層次感；大地色系的壁磚及天花板，增添幾許柔和氛圍，與白橡木色廁間隔板互相搭配。
為提升安全性，選用止滑、抗汙及易清潔的深色地磚，蹲式廁間階梯邊緣皆設置崁入式止滑條；空氣品質方面，每2個廁間設置1個迴風口，加強換氣效果；旅客使用的水龍頭、烘手機、馬桶及便斗沖水器等，則以感應取代按壓，提供安全舒適的如廁環境。
已完成廁所更新工程的捷運車站，均配有獨立無障礙暨親子廁所，除一般無障礙設施外，另設置嵌牆式洗手盆、電動橫移門、兒童座椅、尿布臺等設備；男廁、女廁均設置尿布臺，帶小朋友的家長如廁更輕鬆。
除了硬體設備服務再升級，臺北捷運也針對清潔頻率、工法訂有SOP，捷運系統內的每座廁所，均指派專人每小時整理清掃，隨時補充衛生紙及洗手乳；洗手乳容器定期徹底清潔一次，使用軟刷刷洗盒子底部、內側及給皂口，透過流動清水去除給皂管線沉積物，再以75%酒精噴灑內部消毒，待酒精自然揮發並完全乾燥後再裝填洗手乳，避免細菌孳生。
臺北捷運自88年開始推動初期路網廁所更新工程，包括男女廁間設置比例、擴建女廁及增設獨立無障礙兼親子廁間可行性等，於既有站體有限空間及硬體設備擴充技術層面等條件限制下，陸續進行廁所擴充改善及增設獨立無障礙兼親子廁間等工程。
初期路網車站廁所全數完成更新後，今(113)年將再針對較為老舊的淡水站後廣場廁所進行改造，除了符合最新廁所規範設計要求外，也將導入新一代智慧化廁所規劃，自動監測溫濕度及空氣品質並智慧化調控；設置免治便座、冬季恆溫供水設備、廁間使用狀況資訊顯示功能等，為如廁環境再升級；為服務多元族群使用需要，除設置獨立無障礙廁所、親子廁所及性別友善廁所，另於廁間設置淨下設備，提供各種需求旅客友善如廁環境。
