為防治鼠患，市場處每年均編列預算協助傳統市場加強滅鼠，委請專業滅鼠廠商每月進市場防治，包括投放鼠餌、設置鼠板及偵測站等。除了各項滅鼠作為，環境清潔部分，也請清潔公司定期辦理噴消作業，以維護市場環境清潔與衛生。
針對近期漢他病毒防治，市場處除了持續加強鼠患防治，要求各市場、攤販集中場之攤商、滅鼠廠商、清潔廠商強化管理，並要求攤商定期清除雜物，收市後將攤位內清理乾淨、不留食物殘渣，同時場域內垃圾不落地、廚餘桶加蓋等，以減少老鼠覓食的機會；另請滅鼠廠商加強巡檢各場域，若發現鼠群密度異常，針對異常區域加強防治；此外，市場處亦要求攤販集中場定期進行環境清消，並訂有自律公約，日市每3個月、夜市每2個月進行1次環境清潔消毒並將成果隨財報檢送市場處備查。
市場處已於115年2月6日前完成本市47處公有市場、47處攤集場的鼠餌投藥，加強鼠害防治。環境清消部分，市場處自2月2日起進行所有市場的噴藥清消，提供民眾乾淨衛生場所。市場處亦請自治會配合加強滅鼠及自主整頓環境，倘老鼠時常出沒等異常現象，隨時通報，立即處理，共同防治鼠害，讓民眾安心採買，歡喜過好年。另籲請民眾落實居家防鼠三不策略：「不讓鼠來-封閉鼠道、不讓鼠住-整理環境、不讓鼠吃-斷絕糧食」，平時留意環境中老鼠可能入侵之路徑，封住鼠洞及縫隙，定期整理居住環境。
