臺南市鹿耳門溪口因集水區廣大，長期累積排水泥砂，加上河口地勢平緩，流速不足，更受海岸地形、潮汐影響，海岸漂沙亦於溪口沉澱，造成出海口亦有泥沙淤積，雖未影響排水功能，於退潮時可能影響漁民進出港航行安全。黃偉哲市長相當關切漁民生計問題，要求市府跨局處進行改善，除農業局例行航道疏浚作業外，也責成水利局就工程方面協助。經水利局規劃方案，並由黃市長親自向中央爭取經費，終獲經濟部水利署核定5,480萬元辦理，工程也於昨（24）日順利決標。
水利局說明，鹿耳門溪出海口處，往年由市府農業局編列預算，並由漁港所辦理疏浚作業，配合漁民養殖季節分別於上下半年各清疏一次，每年疏濬量體約為2萬至2萬5千立方米。但由於出海口流速緩慢，導致疏濬完成後又會有大量漂砂回積，疏濬成效大打折扣。為利達成長期成效，市府跨局處整合，由水利局委託財團法人成大研究發展基金會辦理兩期「臺南市鹿耳門溪口海岸監測調查及淤沙問題之研究評估」，透過資料收集、地形測量、海象觀測及數值模擬分析等作業，研究歸納鹿耳門溪口淤淺機制，並規劃河口減淤改善方案。
經檢討長期改善方案，水利局規劃辦理「臺南市安南區鹿耳門溪口防洪減災治理工程」，工程內容包含航道疏濬、束流工設置、四草海堤外養灘及後續成效監測，經費5,480萬元。為利爭取中央補助，黃市長也指示市府先行籌編經費辦理前置作業，預先與在地漁民、農業局、台江國家公園等單位進行溝通說明，以利工程推動。並於經費核定後，積極邀標，工程終於順利決標。
水利局表示，該工程完工後預計可將航道範圍內水深增加至1.5公尺，供四草漁港作業船隻進出，並且藉由提升鹿耳門溪航道內水流流速，達到減緩淤積的效果，後續配合漁港所定期疏濬暢通航道，保護漁民生命財產安全。
